二祖庵因庵與其北的初祖庵相對，故當地人稱之為“南庵”。它是少林地區地勢最高的一座古建築。據舊志載，相傳禅宗二祖慧可立雪斷臂後到缽盂峰頂養傷修煉，後寺僧為紀念二祖慧可而建此庵。庵創建的年代大致和初祖庵同時，為北宋後期。
二祖庵坐北向南，長34米，寬28.5米。它原是一座完整的四合院，前有山門，東西有配殿，北有正殿。山門內供韋馱，亦稱韋馱殿；西配殿內供緊那羅，亦稱緊那羅殿；東配殿內供菩薩，亦稱菩薩殿。
山門及東西配殿早已毀，僅存正殿。正殿名二祖殿，為硬山式建築，面闊三間，前檐下有明柱兩根。
今存殿堂應為明嘉靖四十四年重修留下的殿堂。殿內供二祖慧可塑像。二祖庵在明嘉靖、萬歷、天啟、崇祯及清康熙、道光時曾修。
二祖庵院內有古柏多株及古井四眼。四眼古井傳說為二祖慧可卓錫而成，因名“卓錫井”或“卓錫泉”。據舊志載，四井水味各異，故當地群眾稱之為“苦、辣、酸、甜”四眼井。四眼井實為人挖的井，卓錫得井僅為傳說。
庵南約500米處有一高突的山崖，《少林寺志》雲為二祖慧可養傷“經行處”，又稱“養臂台”、“煉魔台”。晴天在台上舉目可望伊河、洛河和黃河。
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河南嵩山少林寺常住院對面的缽盂峰頂
