目前到澎湖的船共有三種，分別為嘉義布袋港的明日之星與滿天星號、台南安平港的天王星號以及高雄港的台華輪與遠翔公主號。台華輪的噸位比較大，連汽車也可運送，若您有需求，可將您的車透過台華輪運送到澎湖來，不過價錢不便宜，此外台華輪也於假日(每周五晚上)有夜航的班次，也就是晚上11:00由高雄開船，早上約5:30到達澎湖，網友們可多加利用。詳細船班時間以及船票價格如下表：
客輪名稱
航線
航班時間
搭船地點聯絡電話
台華輪(費用：860~1700)
高雄<-->馬公
航行約4小時
高雄-->馬公 9：30開船馬公-->高雄 16：00開船
高雄市新濱一號碼頭搭馬公港搭船
(07)5613866(06)9264087
凱旋三號(費用：1100)
台南<-->馬公
約2小時
台南-->馬公 9：00開船馬公-->台南 16：00開船
台南安平港馬公港搭船
(06)291-1670
今一之星(費用：1000)
嘉義布袋<-->馬公
約90分鐘
嘉義布袋-->馬公 10：00開船
馬公-->嘉義布袋 17：00開船
嘉義縣布袋港馬公港
(05)3476210(06)9260666
滿天星
(費用：1000)
嘉義布袋<-->馬公
約90分鐘
嘉義布袋-->馬公 10：00開船
馬公-->嘉義布袋 16：30開船
嘉義縣布袋港馬公港
(06)9269721 鄭和一號(費用：1300)
台中港<-->馬公
約150分鐘
籌備中
台中港馬公港
